Вот у меня в текущем проекте конфиг в atmel dataflash. Там пара десятков копий конфигурации (с номерами версий). При сбое просто откатится на предыдущий. Разумеется в разных страницах. Чем оно хуже варианта в EEPROM, без CRC и т.п.? Чем хуже EEPROM -- понятно: сбои при отключении питания во-первых, во-вторых один бит -- в одном транзисторе (vs в паре десятков для flash).