Для WDT цикл не более 100 мкс?! О_о Вы случайно не контроллер ядерного реактора разрабатываете? :) Что значит "в зависимости от внешних условий"? Если у вас используются конечные автоматы, то кто мешает напихать установку флага в каждую ветку такого КА?