В Keil-е это примитивно просто. Сначала подключаете к проекту все файлы из директории FlashFS/SRC
Выкидываете из списка файл fs_mmc.c.
Подключаете вместо него свой файл с четырьмя функциями:
mmc_init
mmc_read_sect
mmc_write_sect
mmc_read_config
И все, можете юзать FAT на своей платформе.