Если время не ограничено, то преимущества нет. Обычно рассматривается случай с фиксированным временем счета. Метод прямого и обратного счета имеют одинаковое разрешение, когда измеряемая частота равна частоте заполнения. При более высокой частоте выигрывает прямой счет, при более низкой - обратный.
Кстати, при прямом счете тоже есть погрешность, связанная с неопределенностью начала интервала счета, формируемого опорным генератором.