Что касается "подгрузки нужного загрузчика из флеш памяти" - так это необязательно делать, исполняйте код из внешей флешки, но с таблицей векторов сделать, как я написал выше. Некорректно выразился про "собрать в один", надо "склеить в один" несколько бинарников. При сборке каждого бинарника надо линкеру указывать, по какому адресу во внешней флеш он будет располагаться.