Они, разумеется, включены. Только вот сам MPLAB-то парсить соответствующие *.c файлы не догадывается, чтоб понять какой *.h в какой *.c попадает. Не работает короче говоря. Может в каких-то узких случаях и работает, но практически нарваться можно на бооольшие неприятности и проще жать Ctrl-F10 всегда.