Время, затрачиваемое на операцию чтения из LPT-порта - величина в первом приближении постоянная. Определяется настройками чипсета и тактовой частотой шины и на несколько порядков больше времени выполнения команды процессора. Так что время мерить можно в числе команд чтения. Достаточно провести калибровку по стандартному таймеру при запуске программы.