Вы не ответили на мой вопрос - кто будет заливать "bootloader с дешифрованием" на МК? USB-овые МК обычно уже имеют фабличный bootloader, но тот ничего не дешифрует, а заливает, как есть.
Если вы бережете свою прошивку от заказчика, боясь ему ее отдать в незашифрованном виде, то по той же причине должны беречь от заказчика "bootloader с дешифрованием". Иначе грош цена вашей шифровке, если вы в придачу выдаете дешифровщик.
Отсюда и мой вопрос - кто заливает "bootloader с дешифрованием"?