А этот компилятор разве не понимает относительных ссылок? Я обычно применяю структуру папок проектов типа такой |_LIB
|_INC
|-Project1
|-|-_INC
|-|-_LIB
|-Project2
|-|-_INC
|-|-_LIB
В корне лежат общие для всех проектов H-файлы (в каталоге _INC) и C-файлы (в каталоге _LIB). В каждом из подкаталогов Project1 и Project2 имеются свои собственные, относящиеся только к данному проекту хедеры и исходники. Соответственно в самом исходнике пишу так.
#include "..\..\_INC\modbus.h"
#include "..\_INC\pins_def.h"
При этом modbus.h является общим для всех проектов и лежит в корневом каталоге _INC, а pins_def.h в подкаталоге _INC данного конкретного проекта. При необходимости переноса проекта копируется вся эта структуры каталогов и проект успешно переезжает на новое место.