Все получится, если создать 12 проектов (12 файлов *.mcp) с разными именами. Каждый из проектов будет включать в себя общий исходник и собственный хедер. Тупо 12 раз нажать кнопку не получится, нужно переключиться на другой проект. Хотя можно вызвать пакетную компиляцию из командной строки.