один хидер! но с фигнёй вида: #ifdef PROJECT_NAMBA_ONE
...
#endif
#ifdef PROJECT_NAMBA_DVA
...
а в настройках проектов сделать им дефайны. и тогда батч-билд работать будет.
можно даже замутить что-то типа
#ifdef PROJECT_NAMBA_ONE
#include "project_one/project_one.h"
#endif