Можно и побайтно сравнивать. Кстати, SetCommTimeouts(..) очень,очень полезная функция. Приём в винде может ,например,завершаться по межбайтовому таймауту, грохнуть весь входной буфер по его истечению никто не помешает. Все зависит от временных характеристик Вашего обмена.