Напрасно ты вместо темы пробел поставил - я еле в него попал, чтобы ответить, отредактируй А по сути - зачем это все, когда есть полностью управляемые изнутри Студии AVRISP mkII и Dragon за $35 и $50, которые к тому же и TPI/PDI умеют (Tiny4..10, XMega)? И DW вы не замените, т.к. DW работает не "через любую ногу порта", а через ногу Reset, не отжирая еще и ту самую драгоценную ногу порта. Для МК без JTAG/DW (а много ли таких осталось?) одноногая отладка, конечно, полезна, но она должна быть полностью интегрирована со Студией, а не быть отдельной оболочкой.
Программатор должен быть чисто аппаратным - например, на FT232H, и все последующие изъёбы Атмеля с протоколами программирования новых чипов должны обрабатываться исключительно РС-шным софтом, который в идеале был бы wrapper'ом (или подменой) AvrTargetJtagIceII.dll, позволяя работать с вашим девайсом из Студии как будто это JtagIceII (вы вроде что-то типа того уже и сделали, за исключением DW).
И поддерживать такой программатор должен все AVR, включая AVR32 - вот тогда какой-то интерес будет, а пока не вижу смысла, уж извини.