Дык, а как часто нужно менять конфигурацию? При каждой загрузке или, скажем, только при вводе устройства в эксплуатацию? Если это реконфигурация под конкретные исполнительные устройства, то можно не FPGA, а CPLD заложить. Их тоже можно перепрошивать прямо в схеме. В любом случае придется изучать документацию производителя. К сожалению я сам в языках HDL ни бум-бум :( Все мои немногочисленные проекты, связанные с ПЛИС были сделаны на м/с фирмы Xilinx (серии XC9500 и XC9500XL) с помощью схемотехнического ввода. Причем последний из них был лет пять назад. Так что я вовсе не копенгаген в этом вопросе.