У меня есть для AT90USB1287 код, надо вызвать одну функцию инициализации, а потом если чтото надо послать в комп, вызвать функцию посылки, а прием по прерываниям (в обработчике получаем указатель на буфер и количество принятых байт). А для Freescale есть хороший родной стек