Средства и методы разработки

А то что вы написали, это утопия. Давайте разберем по пунктам 

пусть есть пяток человек костяка, которыми рулить не требуется

Кто из этих пяти принимает финальные решения по спорным вопросам? Кто решает непроизводственные проблемы (кондиционеры, перегоревшие лампочки, канцтовары и прочая фигня)? Кто планирует работу (ой, только не говорите, что все вместе) и контролирует выполнение? Кто в конце концов бонусы начисляет (или они сами себе доход расписывают)?

которые сами хорошо работают и их не требуется понукать

Что значит хорошо? В каких единицах измерения это "хорошо" указывается? Вы же инженер, объясните инженерным языком... Понукать. А может быть нужно сказать "мотивировать"? Чувствуете разницу? Но без мотивации ничего не бывает, даже у самого заинтересованного бойца. Все люди, у всех свои личные проблемы, семьи, хобби и пр. Зря вы считаете, что если человеку нравится его работа, то его не нужно мотивировать. В конце концов, мотивация это не только деньги и их отсутствие =)

присоединить к ним разгильдяя никак не получится. его быстро загнобят и вышвырнут из компании вообще

Кто вышвырнет? Кто из этих пяти принимает решение об увольнении разгильдяя? А кто принимал его на работу, проводил собеседование, составлял тестовое задание - тоже один из этих пяти? Или говнолидер, который, сука, только все портит, не дает этим пятерым нормально кодить?

и такой костяк будет обрастать только такими же влюблёнными в своё дело

Эти влюбленные из воздуха браться что ли будут?

задача руководства в этом случае - грамотно отпочковывать подколлективы на проекты

Епта, если они такие умные, почему сами не могут поделить ресурсы?

Agile и Scrum хороши для мотивации начинающих. не более того.

У вас есть опыт руководящей работы, или это ваши ощущения изнутри? В общем, то что вы написали, понятно. Но это не работает просто так. Если взять 5-10 одаренных, мотивированных, суперумниц, и кинуть их кодить, то в результате будет полная жопа. Я сам это прошел, правда было не 5, а 3, ну и наверное не суперумницы...