Микроконтроллеры

Возможно, но изощряться придётся сильно. Ведь по смыслу прикладная программа и бутлоадер никак не связаны, разве что по стартовой точке с нулевого адреса. Но если очень хочется, то у линкера есть возможность прилинковать внешний бинарный код, почитайте как это сделать в руководстве на линкер.