Вы считаете, что через JTAG удобнее? Вместо двух сигнальных проводов целая куча? Плюс необходимость иметь для прошивки адаптер у меня обычно прошивается через UART, а потом в процессе эксплуатации - через разные пользовательские интерфейсы: где USB, где карточкой, где 485