Ядро у AT32UC3 может работать от отдельного питалова VDDCORE=VDDPLL=1.8V, а стало быть real-timer может тикать и без 3В. И SDRAM на этом напряжении тоже вроде работает. А вот внешняя линия - не знаю, но это больше зависит от требований внешних устройств.