Что мы имеем с таймера? Один или два компаратора и переполнение. Значит, компараторами можно ловить интервалы, не превышающие период переполнения, а с прерывания по переполнению имеем софтовый расширитель разрядной сетки, для чего помедленнее. А частоту надо выбрать один раз правильно и не менять.