Никогда не использую такой принцип. Просто в приложении в протоколе обмена есть дополнительная команда "обновление прошивки". "Голый" загрузчик тоже умеет отзываться на эту команду, игнорируя остальные. И никаких шаманств с передергиванием питания, обновление возможно в любой момент. Для клинического случая, когда в процессе отладки залил нерабочее приложение и общение отвалилось, есть возможность принудительно стартануть загрузчик, притянув к земле какую-либо ножку при включении питания.