Возможно, импульсный источник питания и на ходу цепляли JTAG? может подгореть от этого. Лучше для работы с JTAG использовать трансформаторный источник питания + импульсный стабилизатор, чтобы не было явной разности потенциалов с компьютером. Или заземлять общий провод платок на корпус компа (но там тоже могут быть фокусы при втыкании источника питания - есть небольшая вероятность повредить входные цепи питания платки).