Писать не стал, локализовать глюк не смог. Но похоже было связано с логическими дисками сделанными через SUBST. Загрузил проект с !SUBST диска, сохранил. Теперь все работает как надо и с SUBST. Подцепил к MPLABX mercurial. На X и останусь пока какой-нибудь непреодолимый глюк не вылезет.