Микроконтроллеры

если я правильно понимаю суть autoconf/automake то они делают примерно то, что нужно, но только в одном направлении: по имеющемуся конфигурационном файлу генерят нужный файл для сборки проекта. При этом предполагается, что конфигурационный файл пишется руками. И как я понял из объяснений знакомых linux-программистов, если я вношу изменения в какую-то конфигурацию, то необходимо руками вносить эти изменения в исходный конфигурационный файл. Возможно, я не прав, поскольку с возможностями этих утилит пока не знаком. Если же это действительно так, то как мне кажется недостатком такого подхода является то, что система получается незамкнутой: я не могу автоматически вносить изменения из исходных файлов в файлы-заготовки. Т.е. отсутствует возможность движения в обратном направлении, только в прямом (из makefile.in -> готовый makefile)