В доке к WinAVR описания GNU make нет. Гуглите "GNU make" и найдете довольно быстро. Сам make исходники не парсит, он лишь вызывает другие программы. Можно из makefile вызывать gcc с ключами "показать символы препроцессора" и сторонней утилитой парсить вывод, но гораздо проще определить в makefile вашу переменную debug и передавать ее компилятору как символ препроцессора:
CFLAGS += -DDEBUG=$(debug) точно так же, как передается частота кварца.