И того, и другого. Никогда не сбрасывал pending bit, и всё работает. Кроме того, в документации написано:
Writing to the Interrupt Clear-Pending Register has no effect on an interrupt that is active unless it is also pending.
Насколько я понимаю, прерывание при переходе в состояние active перестаёт быть pending. Хотел найти "официальный" документ, где прямо это написано, но ниасилил :-( Прячут, демоны.