Я бы сделал х-модем в обе стороны. Запуск х-модема по команде с компьютера (специальной последовательностью символов, не мешающей другому протоколу, если есть, или в его рамках отдельными командами). А для Х-модема отдельную программу под виндовс, с весёлыми иконками. Исходники х-модема на контроллер и виндовс одинаковые же.