Первое - обязательно требуется поддержка отображения схемы стандартных корпусов с надписями и цветовым выделением надписей и фона (см. рис.) Второе - база МСУ->периферия->связанные сигналы->отображение на пины
Каким образом реализовать универсальный движок выбора-переключения альтернативных функций порта, учитывая что в разных МК это сделано по разному, пока не знаю, боюсь придётся в каждом случае в рукопашную программировать.
Скорее всего это будет таблица списков, при выборе в ячейке определённого значения часть портов меняет назначение.