Когда приходилось применять FT245BM, тоже сильно удивлялся, что сигналы WR и RD у нее разной полярности. В системе была ПЛИС, я просто проинвертировал WR. Хотя формально проходит и без инверсии, так как AVR выставляет данные раньше начала сигнала WR на 0.5Tclk - 20 ns.