можно врезать два резистора (Ом по 10) и два конденсатора параллельно им (чтобы на частотах выше сотен кГц сопротивление было ещё меньше) и мерить два тока, а потом суммировать их Поскольку эти два шунта будут соединены через трансформаторы в свичах, то дифференциальная составляющая будет небольшая, можно даже одним АЦП без развязки попытаться сделать. Только питание измерителя скорее всего придётся отвязать. Как вариант можно вообще всё в аналоговом виде просуммировать