интерфейс JTAG и отлатка через него вообще во фьюзах разрешены? Через ISP интерфейс мега программируется? Были некоторые проблемы с нестабильной связью AVR Dragon по JTAG с ATmega324, при добавлении на линии JTAG резисторов подтяжки по 10к начинало работать заметно лучше.