Я студией совсем не пользуюсь. Отлаживаю драконом и айсом в яре. Драконом по дебагварю замечательно дело идет. Ради этого и покупал. С JTAG есть вопросы. Последний яр, который имхо прилично работал в этом плане - IAR AVR 4.30A. Последующие хуже. Поэтому проект на 128 меге какой, я отлаживаю под JTAG в упомянутой версии. В общем, соглашусь с коллегами - дело в софте скорее всего.