Микроконтроллеры

Элементарно: после любого прерывания засыпания не должно быть пока цикл не выполнится полностью ещё раз. Флаг может стоит заменить на счётчик и выполнять цикл всегда по N-раз после пробуждения (в т.ч. по факту прерывания) -- это потому, что автоматы в цикле могут взаимодействовать, а засыпание здесь сильно замедляет реакцию. Ну и наконец ввести функцию, вызываемую вручную где очень нужно, запрещающую засыпание в очередном цикле (как если бы возникло прерывание).