В сторонней либе править в консерватории, конечно, не стоит. А вот свою приспособить всяческими #ifdef и т.п. не так и сложно. Сомневаюсь, что в embedded-проектах 100500 дефайнов может быть. На уровне крутых ОС - возможно. Но их же не собирают каждый раз заново.