В ATmega'х есть взаимовлияние каналов при переключении, если напряжения на входах мультиплексора АЦП отличаются не сильно оно практически незаметно. В тех случаях когда из АЦП надо выжать все что можно и нельзя первый результат преобразования по каналу отбрасываю.