Контроллировать CRC прошивки на старте, переодически и возможно, если позволяют условия задачи, перед выполнением критичных действий. Если не совпадает - все останавливаем и генерим аварию. Не заморачивайтесь с восстановлением прошивки и тп - такие ситуации решаются резервированием блоков и требуют совершенно других подходов и денег...