Микроконтроллеры

Странно, что не наоборот. Без большой ёмкости-то когда мультиплексор канал на ногу включает -- просадка напряжения (вызванная ёмкостью входа). Кстати у разных каналов, наверняка, разное время подключения к входу. Один долго подключен, до измерения, другой быстро подключается и отключается (потому, что на вывод данных много времени уходит). Если через вход АЦП течёт ток -- ответ очевиден. И, кстати, если выход датчика слишком высокоомный, то результат опять же очевиден.