Схемы, платы, компоненты

А масштаб бедствия велик? Может и нет никаких наводок/помех, т.е. говорить не о чем? Из общих соображений должна быть хорошая (низкоомная) земля между контроллером и мотором, чтобы обеспечить целостность управляющих сигналов. На цепи питания (включая землю) можно повесить фильтры, чтобы остановить импульсы (и разорвать таким образом земляную петлю по переменке). Но вообще я в силовой электронике не бум-бум, так что могу жестоко ошибаться.