Например, в "простых" AVR Fuses недоступны при установленных Lock-битах. Насчёт xmega не помню. Если это Ваш случай - выполните сперва стирание. Хотя: иногда программирование проходит, но редко
против этой версии.
С другйо стороны, если идёт чтение Fuse, то к интерфейсу вопросов нет...