Не знаю -актуально ещё? Нюанс возник когда, перешли с мелкой SPI на M25P128. Нюанс в том что при старте загрузки Альтера запрашивает DeviceID командой 0x5F. EPCS128 эту команду поддерживает, а M25P128 - нет. В Квартуса начиная с 8,1 в настройках проекта появилась галочка "Не проверять ChipID" После этого чип корректно грузится. Для поддержки в ФлэшПрограммере надо в папку с утилитами c:\altera\81\nios2eds\bin\ кинуть файлик nios2-flash-override.txt