Boot Menu; Boot Manager. Копать в этом направлении. В любом случае нужно выбирать, какой диск будет основной. Потом как загрузочное меню будет работать с него.
Я всегда ставлю системы с одним диском. Остальные отключаю, чтобы не появлялись лишние загрузочные меню. Да и линукс портит загрузочный сектор на виндовом диске.
Потом запускаем понравившуюся программу и делаем загрузочное меню.