Я с проектом кладу текстушку с общим описанием, картинки с алгоритмами, в сишниках в самом начале большой камент как это работает, перед функцией для чего она нужна. В теле пояснения чего какой кусок делает. И каждый раз когда приходится возвращаться к старому проекту очень себя хвалю, и добавляю коментарии там где возникли непонятки.