Я написал батничек для AVRreal (вот для тини13, но меги так похоже) :S
rem pisatx
avreal.exe +tiny13 -e -w -v -c poshivka.hex -fckdiv=1 -p1 -5
rem chitatx avreal.exe +tiny13 -r -c p.hex -p1 -5
if errorlevel 1 goto b
goto a0
:b
goto S
:a0
pause
goto S
Ключи и имена файлов поставишь сам
Если всё успешно программа останавливается и ждёт нажатие любой кнопки, чтобы запрограммировать следующий ИМС, закрыть - закрыть окно
Если ошибка - то программа начинает непрерывано пробовать перепорограммировать. Впрочем можно тоже после :b сделать выдачу сообщение об ошибке (echo ERROR - помоему так) и паузу. Номне было удобнее так
Коллега батничек для запуска проекта для AS4 написал - но, по моему, это изврат