А какова примерно цена вопроса разработки FPGA под указанную задачу? 16 входов, таймер 32 бита, по каждому входному фронту в буфер FIFO заносится значение таймера + в старших битах уровень входа и номер канала. Плюс реализация Slave SPI для обмена с хостом.