500 это 470pF ? Так это же постоянная времени 1*10^3 * 470*10^-12 = 0,47us (на положительном фронте) и 51 * 470*10^-12 = 0,025us на отрицательном. С точки зрения подавления помех это ничто. На порядок не мешало бы увеличить (на два на отр.фронте). Мысль о буфере возле датчика правильная. Можно даже дифференциальный формирователь поставить. Как в стандартных энкодерах. Ну и на входе приемника не так оставить, а поставить полноценный приемник. Можно дифференциальный. Как обычно и делается.
Т.е. лишний раз можешь убедиться как был прав дедушка Крылов в басне о попе и Балде ;)