Чтобы завести - атрибут section
uint8_t ee_data[3] __attribute__((section(".eeprom"))) = { 1, 2, 3};
и стандартным makefile из поставки $(TRG).eep будет сделан.
А вот обращаться, увы, придётся "врукопашную" - сделав макросы ee_read_byte и т.п. наподобие того, что в pgmspace.h