Тогда дело в теплопередаче и в площади теплообмена. Если плата одна, то наиболее эффективно она отдает тепло через ближайшую стенку корпуса. При заливке же Номаконовским компаундом внутреннего объема теплообмен идет через через все поверхности корпуса почти равномерно. Похожего эффекта можно достичь принудительной циркуляцией (мелкий вентилятор) внутри объема.