STM32F4xx: Для использования PB3 надо отключить вывод через SWO в настройках библиотек IAR. В общем-то проблема решена, пишу только для того, чтобы сохранить время тем, кому еще предстоит с ней столкнуться.
Понадобилось использовать ножку PB3 для SPI при работе на Discovery с отладкой по ST-LINK. Сразу не получилось. При пошаговой отладке заметил, что в качестве ALT-функции для этого вывода всегда выбирается 0 (TRACESWO), а не 5 (SPI1). Вылечилось отключением Project - General Options - Library Configuration - Library low-level implementation - Semihosted - Via SWO. Вот это "Via SWO" и не давало использовать PB3.
Жаль, вывод по printf через SWO был намного быстрее, чем "via semihosting".