Схемы, платы, компоненты

Лень открывать стандарт и считать. Там присутствуют просто +5V - их смело объединяйте. Отдельно есть Vio - оно может быть как 5, так и 3.3V и предназначено для питания выходных буферов на шину и дежурное питание +5VSB - оно присутствует даже в "отключенном" компьютере. "12 фаз" относится к питанию ядра процессора.