Стоит такая же задача. но пока стадия проекта не дошла. Библиотека от STM - смотреть реализацию mass_mal.c в STM32_USB-FS-Device_Lib_V3.4.0\Project\Mass_Storage(может что свежее есть - пока не до этого).
думаю - там всё понятно - читай-пиши откуда-куда хочешь - хоть отображай модбас в адресное пространство диска ;)